"Sebagai Cikal bakal MAN Padangan adalah MAI Al Khairiyah Padangan yang berdiri tahun 1986. Bangunan gedung megah yang terletak di Jalan Dr. Soetomo No. 50 Padangan. Berada di tempat yang sangat strategis. Selain tempatnya yang berada di samping jalan raya Ngawi- Bojonegoro juga lokasinya berdekatan dengan MTsN Padangan. Gedung yang berdiri di atas tanah seluas 5.005,4 m2 merupakan tanah Wakaf dari keluarga Bapak H. Hakim Efendi Padangan”.
Pengusulan negeri pada MAI Al-Khairiyah Padangan merupakan keputusan final para pengurus yayasan dan tokoh masyarakat, agar di daerah Padangan berdiri lembaga pendidikan formal islam Negeri yang standar, berkualitas, memiliki daya saing tinggi dengan pendidikan formal yang lain.
Perkembangan MAN Padangan ke depan sangat cerah karena adanya beberapa faktor yang mendukung, diantaranya :
- Didukung oleh masyarakat luas dan agamis dengan melibatkan semua kekuatan yang ada terdiri dari unsur pemerintahan, organisasi keagamaan, para pengusaha,dll;
- Banyaknya generasi masa depan yang handal sebagai penerus dan penopang Pendidikan di MAN Padangan;
- Partisipasi Masyarakat sangat besar. Hal ini terlihat apabila mengadakan kegiatan dan pembangunan fisik mendapatkan sumbangan dana, pikiran maupun tenaga;
- Letak Sekolah yang sangat strategis dan representatif, yaitu terletak dipinggir jalan raya, berada diluar perkampungan, jauh dari pusat keramaian sehingga tercipta suasana tenang yang mendukung kenyamanan dalam kegiatan belajar mengajar serta terdapat SMP negeri dan MTs Negeri/Swasta disekitarnya;
Masyarakat Padangan semakin kuat dan siap menghadapai dampak negatif pengaruh industri minyak Blok Cepu karena anak-anak bangsa telah dibekali ilmu agama yang kuat.
Madrasah Aliyah Islamiyah Al-Khairiyah Padangan yang sekarang menjadi MAN Padangan didirikan pada tanggal 14 Juni 1986,yang di syahkan dengan surat keputusan atas nama Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Jawa Timur.Oleh Kepala Bidang Pembinaan Perguruan Nomor Statistik Madrasah (NSM) : 312352220296
Hal itu bermula dari gagasan beberapa tokoh masyarakat yang disampaikan pada saat sarasehan golkar bertempat dirumah bapak H.Rosyad Umar Padangan.dan selanjutnya diadakan musyawarah sekaligus membentuk pengurus pada tanggal 08 juni 1986 di KUA Padangan,dengan ketua umum Bapak Muchsan.
Dan Pelaksanaan pengelola pendidikan MAI Dikepalai oleh bapak Drs.Surif Fatchur
- Kemudian dimulailah tahun pelajaran pertama pada tahun 1986/1987 menempati gedung SDN Padangan 2 (sebelah utara masjid besar Darul Muttaqin Padangan)masuk sore hari sampai dengan tahun pelajaran 1987/1988 (2 tahun);
- Pada tahun pelajaran 1988/1989 kegiatan belajar mengajar pindah ke gedung Madrasah Ibtidayah Irsyadus Syuban Rowobayan Kuncen – Padangan (1 tahun);
- Pada tahun pelajaran 1990/1991 kegiatan belajar mengajar pindah ke gedung Pondok Pesantren AL-HADI Pengkok – Padangan.sampai dengan tahun pelajaran 1991/1992 (2 tahun );
- Pada tahun pelajaran 1992/1993 kegiatan belajar mengajar mulai menempati Gedung sendiri yang berlokasi di sebelah selatan Mts.Negeri Bojonegoro II di Padangan;
- Pada tahun pelajaran 1996/1997 melalui surat keputusan nomor : 92/E.IV/PP.03.2/96.MAI AL-Khairiyah Padangan dengan status DIAKUI sehingga berhak sebagai pelaksana EBTA/EBTANAS bersama,dan Kepala Madrasah berhak menandatangani Ijasah/STTB;
